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La Comisión Permanente está compuesta por un presidente, dos vicepresidentes y un secretario general; los cardenales que son obispos diocesanos; el arzobispo de Buenos Aires; los presidentes de las Comisiones Episcopales que señala el Reglamento de la Conferencia; un obispo diocesano elegido por cada una de las regiones pastorales que no sea miembro de la Comisión permanente por otro título y el presidente del Consejo de Asuntos Económicos. Se reúne al menos tres veces al año. La actual Comisión Permanente (2017-2020) está integrada con los siguientes miembros:
 

Comisión ejecutiva

Presidente: Mons. Marcelo Daniel Colombo, arzobispo de Mendoza
Vicepresidente 1°: Card. Ángel Sixto Rossi SJ, arzobispo de Córdoba
Vicepresidente 2°: Mons. César Daniel Fernández, obispo de Jujuuy
Secretario General: Mons. Raúl Pizarro, obispo auxiliar de San Isidro

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Presidentes de Comisiones Episcopales

Fe y Cultura: Mons. Alberto Bochatey, administrador apostólico de La Plata
Catequesis, Animación y Pastoral Bíblica: Mons. Ramón Alfredo Dus, arzobispo de Resistencia
Ministerios: Mons. Damián Nannini, obispo de San Miguel
Vida Consagrada: Mons. Héctor Luis Zordán M.SS.CC, obispo de Gualeguaychú
Liturgia: Mons. Ariel Edgardo Torrado Mosconi, obispo de Nueve de Julio
Pastoral Social: Mons. Dante Braida, obispo de La Rioja
Educación Católica: Mons. Jorge González, obispo auxiliar de La Plata
Vida, laicos y familia: Mons. Martín Fassi, obispo de San Martín
Comunicación Social: Mons. Jorge Lozano, arzobispo de San Juan
Cáritas Argentina: Mons. Gustavo Oscar Carrara, obispo auxiliar de Buenos Aires

Presidente del Consejo de Asuntos Económicos

Mons. Sergio Buenanueva, obispo de San Francisco

Delegados de las Regiones Pastorales

Región Pastoral Buenos Aires: Mons. Guillermo Caride, obispo coadjutor de San Isidro 
Región Pastoral Centro: Mons. Ricardo Araya, obispo de Cruz del Eje
Región Pastoral Cuyo: Mons. Gabriel Bernardo Barba, obispo de San Luis
Región Pastoral Litoral: Mons. Gustavo Zurbriggen, obispo de Concordia
Región Pastoral Nordeste (NEA): Mons. Gustavo Montini, obispo de Santo Tomé 
Región Pastoral Noroeste (NOA): Mons. Carlos Alberto Sánchez, arzobispo de Tucumán
Región Pastoral Platense: Mons. Jorge Eduardo Scheinig, arzobispo de Meredes-Luján
Patagonia-Comahue: Mons. Roberto Pío Álvarez, obispo de Rawson